Tienes que llevarla en un maletin distinto al del arma, por lo que son dos bultos y pagarás como exceso de bultos, por lo menos en Air Europa, ya que equipaje, + arma+ munición se pasa de número de bultos.
El arma y la munición te la precintan con un precinto llamado ZZ. Te pasas por la guardia civil del aeropuerto, rellenas los papeles, y o te lo precintan ellos o lo hacen en el mostrador de facturación según la compañía.
En cuanto a la cantidad de munición a transportar, no me acuerdo el tope, pero que dos o tres cajas no tienes problemas